熊本地震では、医療機関も大きな被害を受けた。
熊本県外から災害派遣医療チーム（ＤＭＡＴ）や保健師らが続々と現地に入り、活動を本格化させるとともに、被災した医療機関からの患者の受け入れも進んでいる。
三便宝
厚生労働省によると、今回の地震で、熊本市周辺の主要な医療機関のうち、熊本市民病院など４施設が建物損壊の危険があり、東熊本病院など３０施設が電気、水道、ガスの供給が困難になっている。連絡の取れない施設も７か所ある。これまでに入院患者７００人以上を他の病院へ移した。
また、熊本県内の人工透析９４施設のうち、少なくとも２７施設で透析ができなくなった。２７施設を利用する約２０００人は、他の施設が受け入れた。人工透析は大量の水を必要とし、水不足が懸念されることから、厚労省は同県や自衛隊に透析施設に優先的に給水車を回すよう要望した。
狼一号
出産を間近に控えた妊婦で、出産予定の医療施設が被災したケースについても、熊本大学病院が受け入れ先を調整。１７日午後４時までに、１０人を県内の別の施設に、２人を福岡県内の施設に紹介した。
一方、熊本県から国への応援依頼を受けて、保健師チーム１０隊（１隊は２人以上）が１７日、活動を開始した。近く２７隊が加わり、避難所などを巡回し、血圧や体温の計測、肺の血管に血の塊が詰まる肺塞栓症（エコノミークラス症候群）などを防ぐための栄養、健康指導などを行う。
災害医療に特化した医師、看護師らでなるＤＭＡＴ（１隊は５人前後）は１４日に活動を開始。１７日午前１１時現在、１９１隊が活動中で、７３隊が被災地に向かっている。